Seleksi Pertama (Administrasi dan Penelusuran Rekam Jejak Jabatan, Integritas, dan Moralitas)
Panitia melaksanakan seleksi administrasi meliputi keterkaitan objektif antara kompetensi, kualifikasi, pendidikan dan pelatihan, rekam jejak jabatan, dan integritas, berdasarkan daftar riwayat hidup, dan makalah yang disampaikan peserta
Panitia melaksanakan penelusuran rekam jejak jabatan, integritas, dan moralitas, dan apabila diperlukan dapat melibatkan pihak ketiga (Unit Kerja Asal dan Inspektorat Jenderal) seleksi administrasi terhadap seluruh peserta yang memenuhi persyaratan administrasi;
Pengumuman peserta yang lulus seleksi tahap pertama (administrasi dan penelusuran rekam jejak jabatan, integritas, dan moralitas) akan diumumkan secara resmi melalui papan pengumuman resmi dan website Kementerian Pertanian dengan alamat https://aplikasi3.pertanian.go.id/jptkementan
Seleksi Tahap Kedua (Penilaian Kompetensi/Assessment Center)
Penilaian kompetensi menggunakan metode assessment center (tertulis, diskusi, presentasi dan wawancara).
Dalam hal melaksanakan seleksi kompetensi panitia seleksi dapat menunjuk pihak ketiga untuk melakukan penilaian sesuai kebutuhan.
Hasil penilaian beserta peringkatnya disampaikan oleh Tim Penilai kompetensi kepada panitia seleksi.
Pengumuman peserta yang lulus seleksi tahap kedua untuk masing-masing jabatan pimpinan tinggi madya akan diumumkan secara resmi melalui papan pengumuman resmi dan website Kementerian Pertanian dengan alamat https://aplikasi3.pertanian.go.id/jptkementan
Seleksi Tahap Ketiga (Presentasi dan Wawancara)
Panitia seleksi akan melakukan seleksi akhir berupa presentasi makalah yang disampaikan dan wawancara terhadap nominasi peserta yang lulus Seleksi Tahap Kedua.
Wawancara bersifat klarifikasi/pendalaman terhadap pelamar yang mencakup peminatan, motivasi, perilaku dan karakter, serta dalam pelaksanaannya dapat melibatkan unsur pengguna (user) dari jabatan yang akan diduduki atau dapat melibatkan narasumber untuk menggali potensi pelamar.
Peserta wajib menyampaikan hasil tes kesehatan jasmani dan rohani dari dokter spesialis.
Penetapan minimal 3 (tiga) calon pejabat pimpinan tinggi madya yang lulus seleksi tahap ketiga pada masing-masing jabatan pimpinan tinggi untuk mengikuti seleksi berikutnya untuk setiap 1 (satu) lowongan jabatan.
Panitia seleksi mengumumkan hasil seleksi tahap ketiga kepada peserta seleksi via email yang bersangkutan.